CIG NEWS Archive

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June 30, 2017 Sem. G. Papoutsoglou, BIO

SEMINAR

 

Dr. Georg Papoutsoglou

BioNano Genomics, San Diego, USA

 

Illuminating the “Dark Matter”: De Novo Genome Assembly and Mapping of the Structural Variation of the Genome

 

Friday, 30th June 2017

11:00

Biophore Building, Room 2917.2

Hosts: Dr. Keith Harshman (GTF) and Dr. Daniel Jeffries (DEE)

 

Presentation Abstract

The majority of complex genomes is made up of repetitive and regulatory elements, yet our current analysis of the genome focuses largely on single nucleotide changes and exome sequencing. The “Dark Matter” that controls most of our genome is largely ignored, because short read sequencing is unable to map these highly repetitive sequences. BioNano optical maps use nanochannel technology that can linearize and image megabase size single DNA molecules. This extremely long read data can elucidate genome-wide complex structural variation, like balanced/unbalanced translocations, inversions, and large indels. Our de novo maps can identify Copy Number Variations, resolve complex repetitive regions, and scaffold NGS contigs to create better than reference assemblies.

 

All the interested people are cordially invited.

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June 26, 2017 CIG Sem. M. Murthy

CIG Seminars Spring 2017

Monday 12:15, Génopode, auditorium B, followed by sandwiches

Download the poster

Monday June 26, 2017
Mala Murthy, Princeton University, USA
«Neural mechanisms for dynamic acoustic communication in flies»
Host: Richard Benton

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June 20, 2017 Sem. O. Lucas, GEN B

SEMINAR

Dr. Olivier Lucas

Strategic Account Manager, France & Western Europe; Oxford Nanopore Technologies Ltd.

“Too good to be true? DNA sequencing by Oxford Nanopore. Now.”

Tuesday, 20th June 2017

13:30

Génopode Building, Auditorium B

Host: Dr Keith Harshman

All the interested people are cordially invited.

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CIG Symposium 2017: Registration is now open!

The Faculty of the CIG is organizing this year again its famous CIG Symposium on the topic:

Innovations in Biology

homepage20173samll circlesHD

Link to the CIG Symposium website

 

Link to the registration online form & sign in afterwards to submit your abstract

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Andrzej Stasiak’s inaugural lecture – April 27, 2017 – Génopode, Aud B, 5pm

Professor Andrzej Stasiak will give an inaugural lecture April 27, 2017 at 5pm in the Génopode’s auditorium B.

Revealing the secrets of chromosome organization by numerical simulations.”

 

Biologiste moléculaire de formation, Andrzej Stasiak est un spécialiste de la structure et de l’organisation des chromosomes durant l’interphase. Chef de groupe au Centre intégratif de génomique depuis 2007, affilié à l’Institut suisse de bioinformatique depuis 2015, il a été promu professeur associé de l’UNIL dès le 1er août 2016.

1953 Naissance à Poznan, Pologne

1977 Master en microbiologie, Institut de microbiologie, Université de Varsovie, Pologne

1981 Thèse sur la structure de l’ADN, Institut de biochimie et de biophysique de l’Académie polonaise des sciences, Varsovie

1981-1989 Post-doctorant, puis assistant de recherche dans le groupe du Prof. Theodor Koller, Institut de biologie cellulaire, Ecole polytechnique fédérale de Zurich

          1989-1990 Chercheur FNS dans le groupe du Prof. Jacques Dubochet, Laboratoire d’analyse ultrastructurale (LAU), UNIL

          1990-1996 Maitre-assistant, LAU, UNIL

          1996-2007 Maitre d’enseignement et de recherche, LAU, UNIL

2007-2016 Maitre d’enseignement et de recherche, Centre intégratif de génomique, UNIL > dès 2015 Affiliation de son groupe au sein de l’Institut suisse de bioinformatique, Lausanne

dès 2016 Professeur associé à la Faculté de biologie et de médecine, UNIL

Pionnier dans l’utilisation de la microscopie électronique pour l’étude de l’ADN et des complexes ADN-protéines, Andrzej Stasiak travaille à l’interface de la biophysique et de la biologie computationnelle. Il s’intéresse tout particulièrement aux aspects topologiques de l’organisation du génome de divers organismes (virus, bactéries, levures ou eucaryotes, dont les humains). Ses recherches s’articulent autour des questions suivantes: quelles sont les conséquences du surenroulement de l’hélice d’ADN sur les processus biologiques clés comme la réplication, la transcription ou la recombinaison des chromosomes? Quels sont les mécanismes physiques et biologiques à l’oeuvre derrière l’organisation des chromosomes? Les travaux d’Andrzej Stasiak ont marqué de nombreux domaines, notamment celui des mathématiques appliquées à la topologie de l’ADN. Ils ont aussi éclairé les mécanismes d’action des topoisomérases, des enzymes qui contrôlent la structure 3D et l’enroulement des molécules d’ADN. La modélisation computationnelle est désormais devenue son approche de recherche privilégiée. Le scientifique et son équipe utilisent des méthodes statistiques provenant de la physique de la matière condensée pour leurs simulations. Ils utilisent également des outils bioinformatiques pour étudier des protéines qui vont former durant leur repliement des noeuds profonds et serrés. En classifiant ces différents noeuds, ils souhaitent comprendre les avantages qu’ils apportent. Le chercheur s’intéresse aussi aux mécanismes d’action de différentes protéines dans le processus de recombinaison et de réparation de l’ADN. Auteur de plusieurs chapitres de livres, le chercheur a également publié un nombre impressionnant d’articles (plus de 200, cités plus de 11’000 fois) dans des revues scientifiques de référence. Ses travaux ont bénéficié du soutien continu du Fonds national suisse depuis 1989, ainsi que des subventions du Human Frontier Science Program, SystemsX et du Leverhulme Trust. Le professeur est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement pré- et postgradué où il enseigne trois cours sur la recombinaison de l’ADN, la réparation de l’ADN ainsi que sur la structure et la topologie de l’ADN

 

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